電車が遅れたといって社員が大幅に遅刻してきました。この場合、遅刻時間について給与を払うのでしょうか？

賃金は労働の対価なので、基本的にノーワークならノーペイで問題はないのですが、それが就業規則や給与規程に明記されていれば明確な根拠となります。このように交通機関の事情による場合や悪天候で通勤が困難な場合などについてどうするかについても就業規則や給与規程で明確にしておくことを勧めます。